Прошу прощения, ввел в заблуждение - этот файл не должен обнуляться (обнуляется другой), тем более как выяснилось вы работаете с профиль-папками, я уже удалил свое сообщение, но вы успели на него оперативно ответить.
Тут нужно видимо пример такого профиля + скриншоты настроек профиля проекта, где создавался профиль и скрин настроек профиля проекта, где обнуляется. Не факт, что по этим данным можно будет что-то понять, но пока хоть что-то.
+ уточните, производите ли вы обновление профилей в процессе работы.