Скажем, нам известны данные инстанса, который нужно грохнуть:
(Port:887542665; Pid:1620)
Я пробовал убивать вот этим кодом:
int processId = int.Parse(project.Variables["processId"].Value);
System.Diagnostics.Process.GetProcessById(processId).Kill();
В диспетчере задач процесс с PID 1620...