Тебе надо пересмотреть логику твоих приложений. Признаюсь я не очень понял все детали, но это похоже на утечки памяти. Ну не совсем на утечки просто ты очень много данных держишь в оперативной памяти посмотри сколько у тебя занято оперативки в эти моменты. Старайся данные обрабатывать порционно...