А тут надо не потоки ставить, а контролировать нагрузку на диски.
У меня что-то подобное было и пришлось писать кубик, который контролирует нагрузку через WinAPI и просто таймауты дает перед запуском, если больше порогового уровня.
То же самое на проц и на память.
И тыкать этот кубик перед...