Проблема была решена, когда поставил зенку на мощный дедик (ранее стояла на неплохом vps), который мощнее раз в 10. vps не показывала реальной нагрузки и, видимо, подвисала со временем. На дедике такого не наблюдается. Всё работает как часы
P.S: судя по нагрузке, которую вижу на дедике (5-10%...