Не проверял конкретно вайбер, но вообще да, в AutoIt-е для этого нужно использовать функции control (controlsend(), controlclick() тд) и для "активации" окна winwait() место winwaitactivate(). То есть использовать функции для работы которых не нужно делать активным окно, но в прогах с корявым...